assause様
ありがとうございます。
「第2のPDFファイル」が社外から受領したpdfファイルなので、プロパティでわかる範囲ですが
「どのようなアプリケーション（＋バージョン）で作成」
第1のPDFはFileMaker Pro13、第2のPDFはExcel2013
「PDFの書き出し設定」
第1のPDFはAcrobat Pro DCをプリンタとして出力。第2のPDFは不明
「フォント自体は埋め込まれていたのか」
第1のPDFは
「MS明朝埋め込みサブセット」「TrueType(CID)」「Identity-H」と
「MSP明朝埋め込みサブセット」「TrueType(CID)」「Identity-H」
第2のPDFは
「MSPゴシック（埋め込みサブセット）」「TrueType」「ansi」と
「MSPゴシック（埋め込みサブセット）」「TrueType(CID)」「Identity-H」
でした。
お役に立ちますでしょうか。