Cleaner Toolですが、一度アンインストールしてから実行するようにしてみてください。
その後Acrobat XIを再インストールしてみてください。
ちょっと気になったのがやはり日付です。
インストールと利用のタイミングを考えると、シリアル番号を入れないまま体験版として入れた可能性も
ないとは言い切れないような気がします。
（1/4～1/21の間にちょうど30日になるため。その間にも利用されていれば別ですが……）
ですので、Cleaner Toolをかける前に、再度ライセンス認証を行ってみたほうがいいかもしれません。