フォント名のエラー情報についてはあくまでも一例です。
Flushing: rest of job (to end-of-file) will be ignored についてはその前の情報が肝心で、
このメッセージだけでは単純に「最後まで処理できなかった」ことを示すのみでしかありません。
確実にエラーを回避するには、部分的にデータを削り、原因を地道に追求するのが
実はもっとも近道というケースもあります。
またIllustratorからということであれば、直接PDFに保存ということでは駄目なのでしょうか。