誠に申し訳ございません。本機能については、最善の結果が得られるように設計されておりますが、技術上の制限において、もとの状態と完全には一致しない場合がございます。
Proをご利用との事ですので、該当のPDFにテキスト認識をかけ直し、変換をお試し頂けますでしょうか。
■テキスト認識手順
ツール＞スキャン補正＞テキスト認識＞このファイル内＞設定＞「出力」のプルダウンにて『編集可能なテキストと画像』を選択し[OK]押下。
「設定」右横の青い『テキスト認識』を押す。
完了後、Excelへの変換をお試し下さい。