Onigiri様
PDFの最適化について、こちらでの検証作業にて、
しおりの問題に加えて、もう一点不具合がありましたので、ご連絡しておきます。
ページ番号に接頭辞（H1、H2、など）を使用している場合、
最適化すると、ページ番号が変わってしまうことがあります。
例えば、ページ番号が、H1、H2、1、2、…、20となっている場合（全22ページ）
最適化を行うと、ページ番号が、21、1、2、3、…、21となってしまいます。
しおりの時と同じく、InDesign CS4で書き出したPDFファイル（バージョン1.3）の時に発生しました。
可能なら、最新バージョン（CC2014）での確認をお願いできないでしょうか？
宜しくお願いいたします。