hi_mack様
ご確認ありがとうございます。
InDesignCS4に関しましては旧製品の為、検証機をこちらで用意できないので同じ環境を作るのが難しい状況でございます。
その上での回答となってしまいますが、ご了承いただければと思います。
「変換の警告表示（このPDF文書には、更新が不可能な、サポートされていない文字集合が含まれています。
これらの文字集合が存在すると、古いバージョンのAcrobatでこのファイルを開くときに問題が発生する場合があります）」
のエラー文についてですが、内容からみまして「問題が発生する場合があります」の部分が今回ですと、しおりの件に該当すると考えられます。
上記警告がいつどのような条件で出るのかにつきましては、様々な状況があるかと思われますので、特定するのは難しいです。
ただ、問題の切り分けとしましては、例えばフォントが問題なのであれば、
フォントを変更してPDFを作成していただき、同じ現象が起きるかどうかという事になります。